寺伝によれば、天長年間(824～834年)に空海の高弟･智泉大徳によって神護寺の別院、また戒律道場として創建されたと伝える。真言宗大覚寺派に属し、釈迦如来を本尊とし槙尾山と号す。高雄山神護寺，栂尾山高山寺とともに三尾の古刹の一つとして知られている。
　平安時代末期には荒廃したが、建治年間(1275～78年)に和泉国槙尾山寺の我宝自性上人が中興し、本堂，経蔵，宝塔，鎮守社などが建てられた。また、1290(正応3)年には後宇多法皇より平等心王院の号を賜って神護寺より独立した。
　永禄年間(1558～70年)には兵火に遭って堂塔が焼亡し、神護寺に合併されたが、1602(慶長7)年、俊正明忍律師により再興され、再度独立した。現在の本堂は、1700(元禄13)年に徳川綱吉生母･桂昌院の寄進により再建されたものといわれるが、後水尾天皇中宮(東福門院)の寄進によるとする説もある。堂内には、伝運慶作という本尊の釈迦如来像や千手観世音菩薩像、愛染明王像など多数の仏像が安置されている。
　境内には、本堂より古く、江戸時代前期に移築された客殿、元禄年間(1688～1704年)建立の聖天堂、元禄年間再建の鐘楼がある。表門(京都市指定有形文化財)は、本堂とともに1700(元禄13)年に桂昌院の寄進により再建されたもので一間薬医門である。