1616(元和2)年4月17日、晩年を駿府で過ごした徳川家康が死去すると、遺命によって久能山(標高216m)に埋葬された。2代将軍の徳川秀忠によって5月から東照社が着工され、1617(元和3)年12月に創建された。この間、朝廷から家康に神号｢東照大権現｣が宣下されている。また、1645(正保2)年11月には朝廷から東照社に宮号｢東照宮｣が宣下され、｢久能山東照宮｣の通称が成立する。
　久能山は元々、推古天皇(592～628年)の頃に久能忠仁が山麓に久能寺を建立した歴史をもち、1568(永禄11)年には駿府へ進出した武田信玄が久能城を築いたが、武田氏の滅亡と共に駿河は徳川家康の領有するところとなった。
　家康の遺命は久能山への埋葬および日光山への神社造営であったため、日光山の東照社(現･日光東照宮)もほぼ同時期に造営が始まっている。日光山の東照社は3代将軍･家光の代になって｢寛永の大造替｣と呼ばれる大改築がされ、徳川家康を祀る日本全国の東照宮の総本社的存在となった。同時に家光は久能山の整備も命じており、社殿以外の透塀,薬師堂(現･日枝神社),神楽殿,鐘楼(現･鼓楼),五重塔(明治時代初期の神仏分離によって解体され現存せず),楼門が増築された。
　なお、1619(元和5)年には松平氏発祥の地である松平郷に家康の御分霊を勧請して松平東照宮が建立されている。
　明治時代以降、50年に一度、社殿をはじめとした諸建造物の漆塗り替えが行われている(近年では2006年に社殿塗り替え)。