滝川一益が九鬼嘉隆の安宅船と共に、信雄の長島城と家康の清州城との中間にあった蟹江城,下市場城,前田城を海上機動にて落城させると、織田信雄･徳川家康は即日反応し、7月3日には全て落城せしめ、一益は船で伊勢に逃れた。

羽柴勢は5月4日から尾張の加賀野井城,奥城,竹ヶ鼻城を囲み、水攻めなどで順次攻略したが、信雄･家康は後詰要請に答えず、開城するように勧告し、6月10日に開城した。

8月16日に秀吉は大坂城から再び楽田城に入る。8月28日には家康も岩倉城に入り、双方、楽田と岩倉において対陣したが、小競り合いに終わった。

森長可の死後に手薄となった東濃では、三河から徳川勢が侵攻し、4月17日には徳川家に居た遠山利景が旧領であった明知城を奪還した。

9月15日、戸木城に篭っていた織田方の木造具政らが羽柴方の蒲生氏郷らによって攻められた。城は増強修復され、木造家一族は将兵数百人とともに約6ヶ月に及び籠城したが、信雄と秀吉の和睦が成立したことで、城を明け渡して田辺城に移った。

家康に呼応した佐々成政が能登国の末森城を約1万の兵で総攻撃し落城寸前にまで至らしめたが、前田利家の反撃に遭い退却した。

3月から根来,雑賀衆及び粉河寺衆徒が秀吉の留守を狙って堺や大坂に攻め寄せ、岸和田城にも攻め寄せたが、中村一氏と松浦宗清が戦いの末にこれを守りきっている(紀州征伐)。この和泉の攻防により、秀吉は6月21日～7月18日、7月29日～8月15日、10月6日～10月25日と戦場を離れ大坂城に帰還している。

5月初旬から8月にかけて、北条氏直率いる北条軍と、佐竹義重,宇都宮国綱,佐野宗綱,由良国繁,長尾顕長らの間で合戦が起きた(沼尻の合戦)。 佐竹義重･宇都宮国綱は秀吉と頻繁に連絡を取り合い、上杉景勝は秀吉の命により信濃出兵をし、北条氏を牽制している。一方、北条氏は先年の家康との講和を発展させ、対秀吉の攻守同盟を結んでいた形跡があり、北条氏は本合戦の直後に小牧･長久手の戦いに参陣しようとした動きがある。

6月11日に長宗我部元親が十河存保の十河城を落し、讃岐平定を成し遂げている(第二次十河城の戦い)。家康は元親に｢3カ国を与えることを約束した上で渡海して摂津か播磨を攻撃してほしい｣と求め、秀吉も元親の動きを恐れて小牧在陣中に大坂に帰ったりしている。